پیشنهاد دانشگاه تهران مبنی بر اهدای دکتری افتخاری به رهبر معظم انقلاب مورد پذیرش ایشان قرار نگرفت. صاحبنظران دانشگاهی معتقدند رهبر انقلاب رد این پیشنهاد را به فرصتی تبدیل کردند تا بار دیگر اساتید و نخبگان دانشگاهی را به اهمیت تعهد به "میثاق طلبگی" ، فضیلت علم آموزی و نفی مدرک گرایی توصیه نمایند.
سید مهدی قمصری عضو هیئت رئیسه دانشگاه تهران درباره سابقه تصمیم دانشگاه تهران برای اعطای دکتری افتخاری به رهبر معظم انقلاب گفت: زمانی که بحث ملاقات اعضای هیئت علمی دانشگاه تهران با مقام معظم رهبری مطرح شد موضوع اعطای دکتری افتخاری به ایشان نیز مورد بحث قرار گرفت. البته یک عده مخالف این موضوع بودند زیرا همگان اذعان دارند که ایشان به لحاظ تبحر در رشته ها و علوم مختلف و جایگاه بلندی که به لحاظ رهبری فکری و استراتژیک نظام دارند ، شان و مقام ایشان اجل از "مدرک دکتری" است.

وی افزود: در عین حال موافقین اعطای دکتری افتخاری به حضرت آیت الله خامنه ای نیز استدلالشان این بود که پذیرش دکتری دانشگاه تهران توسط ایشان افتخاری برای دانشگاه تهران است و آنها نیز اذعان دارند که یقینا مدرک دکتری افتخاری چیزی به جایگاه بلند علمی ایشان اضافه نمی کند. اگرچه متصور بود که به دلایل مختلف مدرک دکتری افتخاری دانشگاه تهران از سوی رهبری فرزانه انقلاب پذیرفته نشود اما دانشگاه تهران در این رابطه ادای وظیفه کرد.

معاون دانشگاه تهران خاطرنشان کرد: جدا از جایگاه خاص حضرت آیت الله خامنه ای به عنوان رهبر انقلاب، تحلیل همکاران در دانشگاه تهران برای اعطای دکتری افتخاری به ایشان ناظر بر نقش ایشان طی 50 سال گذشته از زمان ورود به فعالیتهای سیاسی، همراهی با امام راحل و نقش کم نظیری که در وقوع و پایداری و عظمت انقلاب داشته اند و به ویژه نگاه خاص ایشان به مقوله جوان و دانشگاه چه در دوران ریاست جمهوری و چه در کسوت رهبری انقلاب دارند ، بوده است.

محمد خوش چهره استاد دانشگاه تهران نیز در ارائه تحلیلی در این باره گفت: از این پیشنهاد تعجب کردم. اگرچه مقام معظم رهبری از این اقدام به عنوان یک فرصت استفاده کردند و تذکر حکیمانه‌ای دادند و آن این بود که در کشور فضای مدرک و مدرک گرایی حتی در برخی روحانیون دیده می شود. ایشان با برگشت به فضای روحانیت و جایگاه، سبک، سلوک و سیاق روحانیت و طلبگی تعریفی ارائه کردند که یادآور فرمایش حضرت امام (ره) بود که اینگونه تمنیات فی الواقع یک نوع تمنیات نامناسب است.

این استاد دانشگاه تهران افزود: به اعتقاد بنده عدم پذیرش مدرک دکتری افتخاری دانشگاه تهران از سوی رهبر فرزانه انقلاب تذکری است برای برخی افراد و شخصیتها و حتی افرادی در لباس روحانی که فکر می کنند با مدرک دکتری به برخی تشخص ها می رسند یا تذکر ایشان به برخی افراد و مدیرانی است که ضعف خود را می خواهند با مدارج دکتری و تحصیلات عالی پر کنند و فراموش می کنند که عطر آن است که خود ببوید نه آن که عطار بگوید.

حجت الاسلام دکتر عاملی استاد دانشگاه و عضو هیئت رئیسه دانشگاه تهران نیز در این باره گفت: تقدیم دکتری افتخاری آئین نامه ای دارد که بر مبنای آن باید پیشنهاد اعطای دکتری افتخاری در هیئت رئیسه دانشگاه به تصویب نهایی برسد و سپس وزارت علوم نیز تایید. اعطای دکتری افتخاری به حضرت آیت الله خامنه ای مقام معظم رهبری در هیئت رئیسه دانشگاه مطرح و تصویب شد. منتها بنای دانشگاه این بود که موضوع را خدمت حضرت ایشان پیشنهاد کند.

وی افزود: وظیفه دانشگاه بود که این پیشنهاد را به پاس 50 سال خدمات ایشان برای پیروزی انقلاب اسلامی، تلاش 30 ساله برای احیای علم در ایران و حمایت حضرت ایشان از بین المللی شدن تولید علم ایران و قرار دادن کشور در یک مسابقه بین المللی محضر شریفشان مطرح کند اما پاسخ مقام معظم رهبری حاوی دو پیام است. یکی برای حوزه و دیگری برای مجریان.

دکتر عاملی درباره دو پیام مزبورگفت: حوزه های علمیه اصالتشان به تعالیم و مدارج حوزوی است و نیازی نیست که حوزه به دنبال مدرک دکتری باشد. پیام برای مجریان نیز می تواند ناظر بر اقدامی باشد که این روزها باب شده افرادی که کار اجرایی می کنند به نوعی مدرک دکتری بگیرند.